隨著病蟲害對農藥抵抗力的提高，研究人員開發了各種新型農藥，這使得農藥殘留的檢測更加複雜。因此，農藥殘留分析技術的進步也受到高度重視。我國農藥殘留分析技術始於1950年代，當時農藥殘留分析的方法僅限於化學法、比色法和生物測定法。該檢測方法缺乏特異性和敏感性。因此，開發了一種用於農藥殘留分析的農藥殘留檢測儀。農藥殘留檢測儀推動了農藥殘留分析技術的快速發展，大大提高了農藥殘留的檢測水平。
高性能農藥殘留檢測儀可將各組分與雜質分離，高靈敏度和特異性檢測器解決了早期無法檢測到的痕量農藥、代謝物和降解產物的分析。自1980年代以來，農藥殘留檢測儀已廣泛用於農藥殘留分析，用於分析熱不穩定和離子型農藥及其代謝物。
進入新世紀，隨著人們安全意識的提高，農民越來越受到重視，一些新技術被應用到農藥殘留檢測儀上。雖然其中一些還存在一些理論和技術問題，但已經顯示出潛在的應用前景。這些新技術主要包括自動索氏萃取（ASE）、固相萃取（SPE）、固相微萃取（SPME）、超臨界流體萃取（SPE）等預處理技術。超臨界流體色譜（SFC）、毛細管區帶電泳（CZE）、免疫分析（IA）、液相色譜-質譜（LC-MS）、傳感器技術等新型檢測技術。
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